En 1959 Glenn fue asignado a la NASA, como uno del grupo original de los astronautas para el Proyecto Mercury, conocidos como Mercury seven Durante este tiempo, continuaba siendo un oficial del Cuerpo de Marines. Pilotó la primera misión tripulada en órbita estadounidense a bordo de Friendship 7 (Amistad 7) impulsada por el Mercury Atlas 6, el 20 de febrero de 1962.² Después de completar tres órbitas con duración de 4 horas 55 minutos y 23 segundos, Glenn fue recibido como un héroe nacional, y recibió un desfile al estilo que tuvo Lindbergh.